Številni podori in kapniki kažejo na izjemno starost jame, ki je do danes še nerazvozlana.
Prav tako je težko ugotoviti, katera podzemna reka je izdolbla jamo, saj je zaradi ogolelosti (denudacije) površja lega jame danes precej bližje površju, kot je bila v času nastajanja, ko je bila Vilenica v celoti zalita.
Vhod v Vilenico je nastal z udorom stropa. Na to opozarja velik podorni stožec, po katerem se spustimo v prvo – Plesno dvorano. V njej vsako leto poteka zaključna prireditev Mednarodne literarne nagrade Vilenica. Veliko dvorano krasi mogočen temnosiv kapniški steber, ki so ga stari obiskovalci imenovali Maver.
Rov, ki se iz Plesne dvorane spusti globlje, je enoten, vendar razgiban. Ponekod se spušča, drugje dviguje ter doseže višino do 30m. Na poti se rov večkrat razširi v dvorane, ki si sledijo v naslednjem zaporedju: Drevored kapnikov, Rdeča dvorana in Vilinska dvorana.
Za Vilinsko dvorano, ki je zadnja dvorana dostopna za turistične oglede, se jama strmo spusti v neturistični del jame, imenovan Fabrisov rov. Zanj so značilni manjši prostori in številne ožine. Dno jame doseže globino 191m pod površjem. V celoti je jama dolga več kot kilometer, za turistične oglede pa je urejene in osvetljene 450m jame.
